आरडीएसओ का नेतृत्व महानिदेशक करते हैं, विशेष महानिदेशक (इंजीनियरिंग), विशेष महानिदेशक (वेंडर विकास), विशेष महानिदेशक (एस एंड टी ), अपर महानिदेशक , प्रधान कार्यकारी निदेशक और निम्नलिखित निदेशालयों के प्रभारी कार्यकारी निदेशकों द्वारा सहायता प्रदान की जाती है:
महानिदेशक सचिवालय
1. प्रशासन
2. विजिलेंस
3. इंफ्रा
4. रोलिंग स्टॉक
5. कर्षण और पावर सप्लाई
6. सिग्नल और दूरसंचार
7. संसाधन और परीक्षण
8. यातायात और मनोविज्ञान
