आरडीएसओ का नेतृत्व महानिदेशक करते हैं, विशेष महानिदेशक (इंजीनियरिंग), विशेष महानिदेशक (वेंडर विकास), अपर महानिदेशक , प्रधान कार्यकारी निदेशक और निम्नलिखित 32 निदेशालयों के प्रभारी कार्यकारी निदेशकों द्वारा सहायता प्रदान की जाती है:
महानिदेशक सचिवालय
1. प्रशासन
2. इंफ्रा
3. रोलिंग स्टॉक
4. कर्षण और पावर सप्लाई
5. सिग्नल और दूरसंचार
6. संसाधन और परीक्षण
7. यातायात और मनोविज्ञान
